È stato identificato recentemente nel figlio di Giuseppe Giovanni Battista e, perciò, nipote di Andrea, ma De Piccolellis, poi gli Hill e, infine, Santoro, avevano avanzato l'ipotesi che si trattasse del figlio di un Giovanni Battista Guarneri che risiedeva nella parrocchia di S. Donato. A far nascere l'ipotesi delle due diverse genealogie era stata probabilmente la lettura degli stati d'anime della parrocchia di S. Prospero dal 1731 al 1737 (pubbicati dagli Hill), nei quali Giuseppe Guarneri, marito di Caterina Rota, era registrato come figlio del "quondam" (defunto) Giuseppe, mentre Giuseppe Giovanni Battista, figlio di Andrea era ancora vivo nel 1739. Questa discrepanza potrebbe trovare ragione in un continuato errore di scrittura del parroco, o di chi per esso. L'ipotesi della provenienza da S. Donato è oggi scartata dalla maggior parte degli autori. D'altra parte, in un atto notarile del 1740 Giuseppe Guarneri, abitante nella parrocchia di S. Prospero, compare assieme al fratello Pietro, abitante a Venezia.
Una leggenda tramandata da diversi autori vorrebbe Giuseppe Bartolomeo imprigionato per qualche anno per non si sa quale reato, ma la diceria non ha trovato sinora alcuna conferma documentaria.
In tempi postumi, i raccoglitori dei suoi strumenti, per distinguerlo da Giuseppe suo padre, l'hanno denominato "del Gesù", a causa dalla sigla JHS stampata nelle sue etichette, evidentemente come abbreviazione del nome Giuseppe, simile all'ideogramma utilizzato dalla tradizione cristiana per indicare il nome di Gesù.