Non si conoscono il luogo e la data della sua nascita. È ritenuto il capostipite dell'attività liutaria cremonese, ma l'ipotesi che lo vorrebbe allievo dell'ebreo convertito Giovanni Leonardo da Martinengo assieme all'ipotetico fratello Antonio è pura congettura, priva di fondamento storico e conferma documentaria. L'interpretazione seconda la quale i due "famigli" (servitori o domentici viventi col padrone), censiti nella sua casa nel 1526, fossero due fratelli e oltretutto "garzoni" del liutaio è filologicamente forzata; fra l'altro, i nomi Antonio e Andrea erano comunissimi all'epoca a Cremona e attribuibili a qualsiasi abitante della città.
Andrea Amati risiedeva a Cremona, nella parrocchia di S. Elena, quando nel 1539 affittò la casa nella Contrada dei coltellinai, nella parrocchia dei Santi Faustino e Giovita, ove collocò la propria bottega e abitazione.
Fra gli strumenti che gli sono attribuiti ve ne sono alcuni decorati con emblemi e motti di Carlo IX, re di Francia dal 1560 a 1574, che si dice avrebbero fatto parte d'un insieme denominato "Les violons du Roi", ma nella corte francese è storicamente provato che questa denominazione era attribuita agli strumentisti, vale a dire all'orchestra, non agli strumenti (cfr.: Les "violons de Charles IX": 1. François Lesure, La commande à Andrea Amati: parcours d'une légende obstinée. 2. Karel Moens, Analyse des instruments conservée. In: Musique Image Instruments, 5, 2003, le cui tesi sono state confutate recentemente in pubblicazioni cremonesi.
Fu sepolto nella chiesa di S. Domenico il 24 dicembre 1577 e due dei suoi figli, Antonio e Gerolamo, proseguirono assieme l'attività della bottega paterna.